华中的战略位置极其重要，中共中央原本安排陈毅到华中坐镇指挥，但因山东部队进军东北形成空白，为迟滞蒋军北上，决定陈毅到山东工作。时在华中的陈毅夫人张茜得悉陈毅转赴山东后，作词一首，表达两年的思念之情：
    鸣声凄凄孤蝉哀，情思郁郁人伤怀。
    行云慵步回苍穹，游子久留羁旅中。
    空向行云凝眸处，望穿秋水人不至。
    几番报归吩欢聚，几番又传归期误。
    归期误，
    一别春夏已两度，幼儿长成双询父。
    1945 年10 月20 日，中共中央任命陈毅兼山东军区司令员，中共中央山东分局副书记黎玉代理分局书记。
    1945 年11 月，新四军北移部队和各师到达指定位置后，进行了较大规模的整编，组建华中、山东两大野战军。
    新四军苏浙军区第2、第4 纵队和苏中军区教导旅，于11 月10日在江苏涟水合编为第1 纵队。第4 纵队、教导旅、第2 纵队第1 旅，依次编为第1、第2、第3 旅，第2 纵队第2 旅编为新四军独立旅。部队留置在山东。
    新四军第2 师第4、第5 旅和第4 师第9 旅组成第2 纵队，辖第4、第9 旅，调往鲁南投入津浦路作战。
    新四军第7 师在淮南藕塘地区整编，仍沿用第7 师番号，辖第19、第20、第21 旅，整编后调入鲁南枣庄地区。
    以上由新四军改编的第1、第2 纵队和第7 师,隶属于山东野战军。
    苏浙军区第1 纵队与苏南地方部队两个独立团在如东地区整编为第6 纵队，辖第46、第48、第50、第52、第54 团。
    苏浙军区第3 纵队与特务团、独立第1 团在淮安地区整编为第8纵队，辖第64、第66、第68、第70、第72 团。
    苏中军区第2、第3 旅合编成第7 纵队，辖第55、第57、第59、第61、第63 团。
    新四军第4 师在淮北濉溪口整编，组成第9 纵队，辖第73、第75、第77、第79、第81 团。
    以上由新四军改编的第6、第7、第8、第9 纵队,均隶属华中野战军。
    新四军第5 师与八路军南下支队、河南军区部队和冀鲁豫军区部队在桐柏地区会师，组成中原军区，成立中共中央中原局。中原军区司令员李先念，政委郑位三，副司令员王树声，副司令员兼参谋长王震，副政委兼政治部主任王首道。中原军区成立后，完成抗战历史使命的新四军第5 师撤销。
    1946 年1 月，新四军军部与山东军区合并，成立新四军兼山东军区，统一指挥山东和华中部队。陈毅任新四军军长兼山东军区司令员，饶漱石任政治委员，张云逸任副军长兼副司令员，黎玉任副政治委员，陈士榘任参谋长，舒同任政治部主任。新四军兼山东军区下辖胶东、鲁中、鲁南、滨海、渤海五个二级军区和山东野战军；山东野战军辖叶飞的第1 纵队、罗炳辉的第2 纵队，谭希林的第7 师、王麓水的第8 师（原山东部队）约7.4 万人。加上地方武装，总兵力约27.4 万人。
    华中军区下辖苏中、淮南两军区及华中野战军。华中野战军司令员粟裕，政委谭震林，参谋长刘先胜，政治部主任钟期光，下辖五个纵队：王必成的第6 纵队，姬鹏飞的第7 纵队，陶勇的第8 纵队，张震的第9 纵队，谢祥军的第10 纵，加上华中地方武装，总数近15 万人。
    华中局和新四军军部机关北移山东临沂后，与山东分局和山东军区机关留下的部分干部，组成中共中央华东局，饶漱石任华东局书记，新四军兼山东军区政治委员，陈毅任华东局副书记。留在华中的新四军另组中共中央华中分局和华中军区，隶属新四军军部兼山东军区领导。
    新四军整编，进一步集中了兵力，保存了有生力量，形成了以正规兵团(野战军)为主体，与地方武装，民兵相结合的武装力量体制，为实行以运动战为主要作战形式的军事战略转变迈出了关键的一步，是一个应对国民党军抢占胜利果实、极有远见的战略决策。